Em MindAbyss, os jogadores assumem o papel de Kevin, um estudante do ensino médio que está prestes a fazer uma apresentação importante durante uma aula. No entanto, Kevin, durante a apresentação, é atormentado por uma crise de ansiedade e pensamentos negativos que o impedem de prosseguir durante sua apresentação.
A história do jogo começa com o tormento que Kevin está enfrentando, sendo representado através de um espaço vazio que representa a mente dele, monstros grotescos representando suas inseguranças que estão constantemente buscando derrubá-lo e diferentes habilidades para ele enfrentar esses monstros, fazendo uma analogia com os métodos que ele utiliza para lidar com esses pensamentos.
Os jogadores devem guiar Kevin através dessa jornada psicológica, lutando contra essas criaturas em um cenário escuro e vazio que representa o estado da mente de Kevin naquele momento. À medida que ele derrota os monstros internos, Kevin ganha autoconfiança e habilidades especiais para enfrentar sua ansiedade.
O objetivo final do jogo é ajudar Kevin a superar sua crise de ansiedade, permitindo-lhe dar a apresentação com sucesso e crescer emocionalmente. MindAbyss é uma aventura que explora temas de superação pessoal e autodescoberta através da situação de Kevin em busca de lidar com seus problemas.